Risale al 1991 il primo regolamento europeo in materia di agricoltura biologica : nonostante si limitasse ai prodotti di origine vegetale, l'importanza di questo documento consiste nell'aver fornito criteri comuni a tutti gli stati a quel tempo membri dell'Unione europea. 
Successivamente la legislazione è stata aggiornata e le ultime direttive (riguardanti l'etichettatura) sono entrate in vigore il 1 luglio 2010. Il regolamento del Consiglio europeo dei ministri dell'agricoltura più recente, al quale è possibile fare riferimento per conoscere i criteri principali e le disposizioni generali alla base dell'agricoltura biologica, è quello approvato nel 2007.
E' stato istituito il Comitato permanente dell'agricoltura biologica, formato dai rappresentanti degli stai membri e da un rappresentante della Commissione europea, per assicurare il rispetto uniforme delle leggi promulgate dal Consiglio. Insieme a questo organo lavorano il Comitato consultivo per l'agricoltura biologica, composto da gruppi tecnici ed economici di interesse, e il gruppo di esperti per la promozione dell'agricoltura biologica. Questi organismi forniscono pareri non vincolanti, ma molto utili, consulatabili in qualsiasi momento.