Il termine agricoltura biologica comprende anche l'allevamento e qualunque tipo tipo di attività che prelevi materie prime dall'ambiente.

La salute degli animali è il bene primario da salvaguardare negli allevamenti "biologici".
Per questo, gli animali devono essere lasciati al pascolo il più possibile e seguire un'alimentazione adatta alla loro età (per i più giovani è fondamentale il latte, meglio ancora se materno). Gli alimenti, per esempio il foraggio, devono provenire per la maggior parte da agricoltura biologica (entro qualche anno dovrà però essere totalmente biologico), mentre eventuali additivi (esclusi gli ormoni, gli OGM e gli aminoacidi sintetici) possono essere utilizzati solo in casi particolari.

Anche le stalle devono rispettare precise norme igieniche.  E' consigliabile scegliere le specie autoctone poichè si adattano meglio all'ambiente e resistono meglio alle malattie: queste ultime devono essere curate in modo da evitare sofferenze inutili agli animali utilizzando metodi omeopatici e fitoterapici e ricorrendo solo in caso di necessità, sotto il controllo di un veterinario, a farmaci sintetici.